En aquel entonces el joven político también incursionó en varios e importantes puestos en la empresa privada, que posteriormente dejó para entrar nuevamente a la política pero esta vez como congresista.

Además de sus funciones públicas, Gaviria desarrolló una actividad periodística en el diario La Tarde de Pereira, que dirigió en 1982, y en el diario El Tiempo, como columnista político y económico, hasta 1986.

Gaviria también realizó las funciones de ministro de Hacienda y Crédito Público (de agosto de 1986 a mayo de 1987), ministro encargado de Justicia (de mayo de 1987 a febrero de 1988) y ministro de Gobierno (de mayo de 1987 a febrero de 1989).

En esta última etapa estuvo delegado de las Funciones Presidenciales, en ausencia del presidente de aquel entonces y en los casos de grave alteración del orden público.

Exponente de los sectores más progresistas e identificado en el ala izquierda del PL, Gaviria llevó con inteligencia el conflicto con la guerrilla del Movimiento 19 de Abril (M-19), abierta a las opciones de paz, y ello resultó determinante para que este grupo entregara las armas el 8 de marzo de 1990.

En febrero de 1989 Gaviria se retiró del Gobierno para dirigir la campaña presidencial del precandidato liberal Luis Carlos Galán Sarmiento, senador y adalid de la facción Nuevo Liberalismo, comprometida con la lucha contra el narcotráfico y la corrupción.

Cómo llega a la presidencia
El 18 de agosto de 1989 Galán fue asesinado durante un mitin en la localidad de Soacha, Cundinamarca, por sicarios presuntamente contratados por el cártel de Medellín y durante el sepelio la propia familia del difunto solicitó a Gaviria que tomara el testigo político, a lo que éste accedió.

El 29 de septiembre de ese mismo año la plataforma de parlamentarios liberales que lo apoyaba avaló su precandidatura en las primeras primarias del partido abiertas al voto popular y el 11 de marzo de 1990, Gaviria se impuso por un amplio margen a los aspirantes Hernando Durán Dussán y a Ernesto Samper Pizano, siendo acto seguido proclamado candidato oficial a la Presidencia.

El mismo día se celebraron elecciones a la Cámara de Representantes del Congreso, a las que por primera vez participó la histórica guerrilla convenientemente reconvertida en partido con el nombre de Alianza Democrática M-19 (AD M-19)

En la jornada del 27 de mayo de 1990, al cabo de una campaña especialmente dramática por el asesinato de los candidatos izquierdistas Carlos Pizarro Léon-Gómez y Bernardo Jaramillo Ossa, Gaviria resultó vencedor con el 47,8 por ciento de los votos sobre Álvaro Gómez Hurtado.

Con su toma de posesión el 7 de agosto para un período cuatrienal, Gaviria se convirtió en el más joven jefe del Estado colombiano del siglo.

Su ascenso a la OEA
El 7 de agosto de 1994 Gaviria transmitió sus funciones a su correligionario Samper, vencedor en las elecciones presidenciales del 29 de mayo y 19 de junio. El 15 de septiembre siguiente se posesionó de la Secretaría General de la Organización de Estados Americanos (OEA), para la que había sido elegido el 27 de marzo anterior en Washington.

Para optar a dicho cargo se impuso con 20 votos al canciller costarricense Bernd Niehaus Quesada, que obtuvo 14, y sustituyó en el cargo al brasileño João Baena Soares.

Gaviria está considerado un allegado de Estados Unidos -que abogó activamente por su candidatura a la Secretaría de la OEA- en torno a la efectiva concreción, del Área de Libre Comercio de Las Américas (ALCA), vasto proyecto de desarme arancelario continental desde Alaska a la Patagonia que inició su andadura en la I Cumbre de Las Américas, en Miami en diciembre de 1994.