Los estudiantes han mantenido una protesta desde inicios del actual periodo académico en rechazo a una resolución que los obliga a cursar las clases del departamento de Ciencias Morfológicas hasta que hayan aprobado las 18 clases generales.

Los estudiantes exigen que les autoricen cursar las clases morfológicas con un mínimo de seis asignaturas generales en su historial académico, tal y como, según ellos, se ha venido realizando.

De acuerdo a informaciones difundidas por la oficina de prensa de la Comisión de Transición, desde el momento de la toma de las instalaciones de la Escuela de Medicina, tanto el Rector, Raúl Santos, como la vicerrectora académica, Rutilia Calderón, han mantenido las puertas abiertas para dialogar con los estudiantes.
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Informes oficiales señalan que los acercamientos entre autoridades y protestantes permitieron a la Junta Interventora e Investigadora de la Facultad de Ciencias Medicas y la Coordinación de la Carrera de Medicina proponer planeamientos académicos aceptados por un significativo grupo de estudiantes, excepto 157 alumnos, mismos que, según fuentes oficiales, son los que se tomaron las instalaciones de esa unidad académica en el 2006.

Versiones de las autoridades universitarias indican que estos 157 estudiantes exigen que se anule el Acuerdo suscrito con la Comisión de Transición de la UNAH en relación a los requisitos.

De los 157 estudiantes protestantes en el tercer período de 2006, trece no matricularon ninguna asignatura, 107 reprobaron una o mas asignaturas 26 reprobaron todas las materias matriculadas y el resto no tienen número de cuenta asignado.